En medio de la polémica legislativa del funcionamiento de la JEP con respecto a la investigación y juzgamiento de los militares y agentes del Estado, durante el conflicto armado con las Farc, cuatro generales del Ejército ya se sometieron a la Jurisdicción Especial para la Paz y otros cinco presentaron recientemente la respectiva solicitud para hacerlo.
Los altos oficiales que se acogieron a la JEP son Rito Alejo del Río, Mario Montoya, Jaime Uscátegui y Henry Torres Escalante, mientras que los que pidieron ser investigados son Iván Ramírez Quintero, Luis Roberto Pico Hernández, Miguel Eduardo David Bastidas, José Joaquín Cortés Franco y Hernando Pérez Molina.